Help Vướng mắc về thông tư 39, quy định sửa đổi bổ sung điều 64 thông tư 38

Dear All!
mình xin trích đoạn điều 64 thông tư 38 như sau:
Điều 1. Thủ tục hải quan xử lý nguyên liệu, vật tư dư thừa; phế liệu, phế phẩm; máy móc, thiết bị thuê, mượn

1. Thời hạn xử lý nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị khi hợp đồng gia công kết thúc hoặc hết hiệu lực

a) Chậm nhất 15 ngày kể từ ngày hợp đồng gia công kết thúc hoặc hết hiệu lực thực hiện, tổ chức, cá nhân có văn bản thông báo cho Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục quyết toán phương án giải quyết nguyên liệu, vật tư dư thừa; máy móc, thiết bị thuê, mượn; phế liệu, phế phẩm theo mẫu số 17/XL-HĐGC/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;

b) Chậm nhất 30 ngày kể từ ngày thông báo phương án giải quyết nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị thuê, mượn, phế liệu, phế phẩm, tổ chức, cá nhân phải thực hiện xong thủ tục hải quan để giải quyết nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị thuê, mượn, phế liệu, phế phẩm (nếu có).

Doanh nghiệp mình đang bị vướng mắc ở thủ tục thanh khoản khi hêt hạn HDGC như sau:
Doanh nghiệp là doanh nghiệp FDI hoạt động trong lĩnh vực gia công sản phẩm cho thương nhân nước ngoài, có hợp đồng số ETV-01.2017 thời hạn từ 1/5/2017 đến 30/4/2018.
kết thúc HDGC doanh nghiệp tiến hành nộp hồ sơ thanh khoản cho chi cục HQ Bắc Ninh.
Trong thời gian xử lý hồ sơ,có một số tờ khai bên Hải Quan Bắc Ninh phát hiện trên hệ thống hải quan tình trạng tờ khai là chưa quan giám sát, thực tế hàng đã xuất khẩu qua cửa khẩu sân bay quốc tế Nội Bài.
Theo hướng dẫn doanh nghiệp đã làm công văn xin xác nhận ở hải quan cửa khẩu Nội Bài nhưng vẫn đang chờ chưa được duyệt.
Doanh nghiệp nộp hồ sơ thanh khoản từ ngày 14/5/2018 đến ngày 21/7/2018 chưa được thanh khoản xong.
mặt khác ngày 5/6/2018 thông tư số 39/BTC bắt đầu có hiệu lực và sửa đổi 1 số điều của thông tư 38/BTC trong đó có nội dung như sau:
"Điều 64 /TT 38 được sửa đổi bổ sung như sau:
Điều 64 : Thủ tục Hải quan xử lý nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế thải, phế liệu, phế phẩm, máy móc thiết bị thuê mượn:
1. Chậm nhất 30 ngày kể từ này hợp đồng gia công kết thúc hoặc hết hiệu lực thực hiện, tổ chức, cá nhân phải hoàn thành việc thực hiện các thủ tục giải quyết nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm, máy móc, thiết bị thuê mượn và sản phẩm gia công theo quy định tại khoản 2 điều này.
Đối với phế thải, tổ chức, cá nhân thực hiện theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường. Tô chức, cá nhân có trách nhiệm ghi chép sổ sách chi tiết, xuất trình cho cơ quan hải quan khi kiểm tra.
Hết thời hạn trên, Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục quyết toán thực hiện lập biên bản vi phạm để xử lý theo quy định."
Do đó đến ngày 23/7/2018 doanh nghiệp nhận được hướng dẫn của Hải Quan Bắc Ninh là hợp đồng gia công số ETV-01.2017 không cần thanh khoản nữa mà thực hiện theo thông tư 39/BTC đó là:
"Theo thông tư 39 doanh nghiệp không cần làm mẫu 17 và làm thủ tục thanh khoản hợp đồng gia công với đội thanh khoản nữa. Tuy nhiên sau khi kết thúc hợp đồng gia công doanh nghiệp vẫn phải làm công văn thông báo về việc kết thúc hợp đồng và thông báo về phương thức xử lý nguyên liệu dư thừa, phế liệu, máy móc. Và bảng chốt tồn nguyên liệu giống như trước. Sau đó nộp cho phòng nghiệp vụ của hải quan, phòng nghiệp vụ sẽ kiểm tra sau đó mới cho phép mở tờ khai chuyển tiếp or xuất trả nguyên lieu…."
Vậy doanh nghiệp có vướng mắc là HDGC kết thúc ngày 30/4/2018 mà thông tư 39/BTC có hiệu lực từ ngày 5/6/2018, có nghĩ là kết thúc trước khi thông tư 39/BTC có hiệu lực, Hải Quan Bắc Ninh hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện như vậy có đúng quy định không, và doanh nghiệp có bị xử phạt vi phạm hành chính hay không? vì đã quá thời hạn 30 ngày kể từ khi hết hạn HDGC.
Các bạn trong diễn đàn tư vấn giúp mình mới.
thank all!